Как загрузить свои данные в среду R

автор: Samoedd Март 31, 2016 41 Комментарии

Начинающие пользователи часто сталкиваются с проблемой загрузки своих данных в среду R: данные просто не загружаются или неправильно отображаются, возникают разного рода ошибки. Особенно эта проблема актуальна для тех, кто хранит свои данные в таблицах Excel и пытается именно их загрузить в R. Проблемы загрузки данных в среду R не всегда подробно рассматриваются в учебниках или на курсах, поэтому я решил написать эту статью и надеюсь, она облегчит жизнь тем, кто только заинтересовался R!

Правильная структура таблицы - залог успеха!

Большинство студентов, аналитиков и ученых работают с таблицами данных, поэтому именно их мы и загрузим в среду R. В качестве примера я создал таблицу в Excel с физическими данными студентов одного из военных ВУЗов (все данные вымышлены, любое совпадение имен и событий с реальными являются случайностью). В ней я заведомо нарушил все каноны построения таблиц, потому что неправильная структура таблицы является главным препятствием для загрузки данных не только в R, но и в другие статистические программы. Скачать таблицу можно по этой ссылке.

Как видно на рисунке ниже наша «таблица данных» имеет ряд структурных ошибок.

Во-первых, мы фактически имеем две таблицы в одной. Названия столбцов в этих таблицах кажутся разными, но на самом деле они просто написаны на разных языках. Так что мы можем смело объединить данные в одну таблицу. Я рекомендую использовать английский, так как это упростит работу в R. Теперь наша таблица стала единой.

Во-вторых, в некоторых столбцах мы имеем неоднородность данных. Например, в «Weight» и «Blood group» часть данных отображена числами, а часть словами. Всегда приводите данные одного столбца к одному формату. То же самое касается и «Rhesus factor». Также убедитесь, что в Excel листе нет заполненных ячеек , находящихся за пределами созданной таблицы. В итоге, результат должен получиться такой же, как на рисунке ниже.

Загрузка данных в среду R напрямую из Excel таблиц

Итак, теперь наша таблица имеет правильную структуру. Для загрузки файлов в форматах программы Excel (.xsl или .xlsx) существует R-пакет "xlsx", который позволяет загружать их без особых проблем.

Сначала загружаем пакет "xlsx" в среду R:
> install.packages("xlsx", dep = T)

Подключаем этот пакет при помощи команды:
> library("xlsx")

Потом прописываем путь и имя файла, указываем номер листа, в котором находится таблица:
> имя таблицы в R <- read.xlsx("путь к файлу/имя файла.xlsx", sheetIndex = "номер листа")

В нашем случае имя файла "voenvuz.xlsx", а имя таблицы данных в среде R - "voenvuz1":
> voenvuz <- read.xlsx("D:/Samoedd.com/Статьи/05 Загрузка данных в R/Students2.xlsx", sheetIndex = 1)

Проверим, все ли нормально со структурой таблицы, вызвав имя таблицы "voenvuz1" в командной строке:


Все готово, наша таблица загружена корректно в среду R. Но прежде чем перейти к анализу загруженных данных, следует также освоить другой, более популярный среди опытных пользователей R метод загрузки данных — импортирование .txt и .csv файлов. В своей работе я использую именно его!

Классический вариант: импорт таблиц форматов .txt или .csv в среду R

Есть по крайней мере три причины, почему большинство пользователей R предпочитают пользоваться именно этим вариантом. Во-первых, не нужно подключать в R никаких дополнительных пакетов. Во-вторых, множество «сырых» данных сохраняется именно в форматах .txt и .csv. В третьих, эти форматы меньше весят в сравнении с тяжелыми .xls и .xlsx, и в них нет никаких ограничений по количеству строк или столбцов. Другими словами, они универсальны.

Создадим файлы voenvuz.txt и voenvuz.csv прямо в программе Excel. Для этого проделаем следующее:

1. Нажимаем на вкладку «Файл» в левом верхнем углу;
2. Выбираем «Экспорт» и находим опцию «Изменить тип файла»;
3. Кликаем на нее и видим перед собой список различных форматов;
4. Выбираем .txt (разделитель — знак табуляцией ‘tab’) или .csv (разделитель — запятая);
5. Прописываем расположение и имя файла.

Теперь необходимо лишь импортировать полученные файлы в среду R. Для этого воспользуемся командами:
для .csv:
> voenvuz2 <- read.csv("D:/Samoedd.com/Статьи/05 Загрузка данных в R/voenvuz.csv", sep = ";")

для .txt:
> voenvuz3 <- read.table("D:/Samoedd.com/Статьи/05 Загрузка данных в R/voenvuz.txt", sep = "\t")

Несмотря на то, что мы загружали данные из разных форматов (.xlsx, .csv, .txt), результат должен получиться одним и тем же. Именно поэтому в среде R у нас появилось три абсолютно одинаковых таблицы под именами "voenvuz1", "voenvuz2", "voenvuz3".

Полезная информация, небольшой трюк и заключение...

Чтобы быстро и эффективно загружать свои данные в среду R важно понимать, что такое «рабочая директория». Говоря простыми словами — это папка (директория), где расположен исполняемый файл программы. Для того, чтобы узнать рабочую папку R, следует набрать команду:
> getwd()

Файлы, расположенные в этой папке, не нуждаются в указании «пути к файлу» при загрузке в среду R, что существенно экономит время, и уменьшает количество букв в коде. Именно поэтому важно не только знать, но и уметь изменять расположение рабочей папки. Измените расположение рабочей директории R на ту папку, в которой Вы разместили файлы voenvuz.xlsx, voenvuz.csv, voenvuz.txt.
> setwd("D:/Samoedd.com/Статьи/05 Загрузка данных в R")

Теперь Вы можете загрузить любую из таблиц, используя гораздо более короткий код, например:
> voenvuz4 <- read.table("voenvuz.txt", sep = "\t")

Трюк с ярлыком R

Есть способ, при котором не нужно прописывать путь рабочей директории в R консоли, он будет создан автоматически. Для этого надо кликнуть по ярлыку программы R правой кнопкой и выбрать «Свойства». Во вкладке ярлык Вы увидите окошко «Рабочая папка». Удалите все, что там написано, чтобы оно было пустым, и нажмите «Применить».

Теперь просто скопируйте ярлык и вставьте его туда, где хранятся Ваши таблицы данных. Запустите R через этот ярлык. Все, Вы уже автоматически установили рабочую папку там, куда вставили ярлык. Для проверки можете воспользоваться командой dir(), которая выведет в консоль список файлов, находящихся в рабочей папке.

И напоследок, пара советов...

1. Если по каким-то причинам, таблица загрузилась в среду R неправильно, обратите внимание на аргументы функции read.table(). Возможно, стоит вручную прописать разделитель столбцов (sep = «») и десятичный знак (dec = «»). Аргумент header = TRUE, говорит о том, что у Вас в таблице присутствует заголовок для столбцов. Если его нет, замените на header = FALSE. Больше справочной информации об аргументах вы найдете, написав в консоли ?read.table
   В качестве примера, я прописал некоторые аргументы для импорта нашей «voenvuz.txt» таблицы:
   > voenvuz5 <- read.table("voenvuz.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ".")
2. Если Ваш путь к таблице данных прописан на кириллице, то при вводе кода в консоль, убедитесь, что у Вас стоит английская раскладка. В противном случае, Вы увидите ошибку, проиллюстрированную ниже.

Если у Вас возникли вопросы или проблемы с загрузкой Ваших данных, пишите в комментариях к этой статье. Я обязательно отвечу и постараюсь Вам помочь. Спасибо за внимание!